Основными рисками реализации национального проекта «Образование» и входящих в него федеральных проектов являются следующие: возникновение дополнительных расходов бюджетов субъектов РФ на содержание создаваемой материально-технической базы (инфраструктуры), а также на заработную плату персоналу новых образовательных организаций; кампанейщина в процессе осуществления указанных проектов, формализм и рост отчётности вместо решения реальных проблем развития региональных систем образования. К числу негативных последствий формальной и некачественной реализации нацпроекта можно отнести: рост дефицитов региональных бюджетов; дефицит педагогических кадров; дефицит текущего финансирования системы образования; потерю населением и образовательным сообществом доверия к реализуемым мероприятиям национального проекта «Образование».